基于转录组学和蛋白质组学的高海拔肺动脉高压大鼠模型的新的靶点

脾动脉低压（PH）是指有规律时平均脾动脉压≥25 mmHg。 它根据血流动力专修特质、发病前提和病理专修分成五类。 第三类高平均海拔脾动脉低压（HAPH）是由于在高平均海拔诱发环境中所脾换气总量代偿适度增高和脾小动脉血管收缩招致的，导致山岭心肌病。 临床征状包括运动适度呼吸困难、腹痛和疲劳。 HAPH 可能反映了未能适应高平均海拔，并；还有不相符的病理生理前提。 大约有 1.4 亿人生活在平均海拔 2,500 米以上的东部，每年有超过 4,000 都来次访问这些高平均海拔东部。 诱发导致器官蛋白质表达出来谱发生差别发生变化； 这都有长期寄居在高平均海拔东部的居民及其的族的蛋白质型适应适度发生变化中所发觉的。HAPH 的放射治疗仍在数据分析中所。应建议患者转回低平均海拔东部，氧疗有效地。药物放射治疗的数据分析仅限于一些随机试验。 HAPH 的病理与其他种类的 PH 常为似，因此值得考虑对 PAH 有效地的药物到底对 HAPH 有效地。

然而，所有这些抗病毒药物都在HAPH中所的有效地适度和前提唯不相符。为了解决这个问题，我们旨在数据分析诱发所涉及的分子结构前提，使用家兔 HAPH 模型，并分析方法综合多组专修步骤。 在此过程中所，我们旨在数据分析几种抗病毒药物和复氧的发挥作用，以确定高平均海拔招致的诱发的潜在新放射治疗靶点。 特别是，我们数据分析了抗病毒药物如何不良影响器官之间的差别蛋白质和蛋白质表达出来。

数据分析内部设计：

将家兔置于 10% O2（诱发）室中所 3 周以造成 PH。比对家兔（C 组）在整个实验中所都处于常氧环境下，并在放射治疗期间（即从第 21 天开始）用核酸同步进行放射治疗。 3亦同，其余家兔随机分成六组；一个大被诛杀（第 21 天）以评核心脾功能性。其余 5 组用抗病毒药物或复氧放射治疗，从第 21 天到第 35 天诛杀。慢适度诱发，核酸处理（M）；慢适度诱发，司来帕格放射治疗；慢适度诱发，马西替坦放射治疗；慢适度诱发，riociguat 放射治疗；慢适度诱发、复氧 (RE)。

转录组系统适度：

提取总 RNA，并通过使用 Arraystar rRNA Removal Kit 去除 rRNA 来富含 mRNA 和非编码 RNA。 mRNA 和非编码 RNA 被视频化糖类分解成短视频（~200-500 nt）。以短视频为codice_，利用随机六聚体引物合成第一碱基cDNA。在第二碱基合成过程中所，dTTP 被 dUTP 取代。 然后加入洗脱糖类以通过前端修缮和去掉核糖来提纯和分离短视频。 短视频被提纯并与RF连接； 使用尿嘧啶-N-糖基化酶消化第二条碱基。 琼脂糖发射光谱后，考虑最合适的视频作为codice_同步进行PCR扩增。 使用 Agilent 2100 生物系统适度仪和 ABI StepOnePlus 实时 PCR 系统对样品库同步进行定总量和质总量评核。 该文库使用 Illumina HiSeq 2000 系统同步进行测序。

LC-MS/MS 系统适度

在连接到 Easy-nLC 1000 液常为色谱系统的Q Exactive HF 气相上系统适度样品。将干旱的胺样品重新溶解在溶剂 A（0.1% 甲酸水溶液）中所并加载到捕集柱中所使用溶剂 A 的最大压力为 280 bar，然后在自制的 150 μm × 30 cm 乳胶微柱上以 5–35% 的局部同步进行分离流动常为 B（乙腈和 0.1% 甲酸），流速为 600 nl/min，持续适度 150 分钟。 QE HF 的 MS 系统适度是在 3e6 氢离子的自动增益控制目标下同步进行一次全都读取，然后同步进行多达 30 次与数据常为关的 MS/MS 读取不具备低能总量的断裂溶解，在 Orbitrap 中所检测到（R = 15,000 在 200 m/z）。

数据分析结果：

基于RNA-seq数据的共表达出来网络的功能性富含系统适度和门户分子结构鉴别。

基于蛋白质数据的共表达出来网络的功能性富含系统适度和门户分子结构鉴别。

RNA-seq 和蛋白质组专修揭示了对三种药物的加成之间的强常为关适度，不具备几乎常为同的效果。GO 富含看出差别表达出来的蛋白质包括作准备代谢调节、转录和翻译的蛋白质。

司来帕格、马西替坦和复氧可增高 HAPH。Serpina1、Cryz 和 Cmc1 被鉴别出来，通过多组专修挑选出，作为作准备HAPH的关键蛋白质。这些推断出为 HAPH 的抗病毒药物前提共享了新的见解。

数据分析论点：

Selexipag、macitentan 和复氧显着减弱了家兔 HAPH 模型，而 riociguat 的发挥作用不强。 差别表达出来的蛋白质作准备代谢调控、转录和翻译。 某些蛋白质受到 HAPH 和放射治疗的不良影响。 我们使用多组专修步骤挑选出了关键蛋白质 Serpina1、Cryz 和 Cmc1。 这些推断出可能有助于更多地了解诱发所涉及的分子结构前提，并可能共享新的放射治疗靶点。

文献出处：

Xu X, Li H, Wei Q, Li X, Shen Y, Guo G, Chen Y, He K, Liu C. Novel Targets in a High-Altitude Pulmonary Hypertension Rat Model Based on RNA-seq and Proteomics. Front Med (Lausanne). 2021 Nov 3;8:742436. doi: 10.3389/fmed.2021.742436. PMID: 34805208; PMCID: PMC8595261.